Stavba Libeňského přesmyku má za cíl vyřešit stávající kapacitní problémy ve stanici Praha-Libeň. Přesmykem má skončit přejíždění nákladních vlaků přes koleje koridoru v Libni na trati z Malešic. Má tak vzniknout mimoúrovňový přesmyk, kdy se staniční koleje překonají nadjezdem a dojde tak k odstranění úrovňových kolizních jízd. Přesmykem dojde ke zdvoukolejnění trati do Malešic, ta však bude svedena do pouze jednokolejného tunelu pod vrchem Tábor. Rozšíření o druhý tunel se plánuje až v dalších fázích modernizace traťového úseku Praha-Libeň – Praha-Malešice.

Loni v závěru roku získala Správa železnic územní rozhodnutí, které není pravomocné. Rozhodnutí bylo napadeno odvoláními, které stavební úřad nyní vyhodnocuje. Aktuálně se připravuje tendr na zhotovitele dokumentace pro povolení záměru a prováděcí dokumentace. Vzhledem k aktuálně probíhajícímu odvolávacímu řízení je termín zahájení realizace stavby směřován na druhé pololetí roku 2026.

Veřejnost a vedení městské části Praha 9 má vůči projektu námitky, největší potíž spatřují především ve výšce plánovaného mostu přes koryto Rokytky. Správa železnic s Prahou 9 podle vyjádření jedná ohledně zásahu do území v místě přesmyku.